Təhsil sistemi müasir təhsil metodlarından istifadə etməklə beynəlxalq standartlara uyğun təşkil olunmuşdur. Fənlər təşkil olunmuş müvafiq kafedralar tərəfindən tədris olunur.
Heydər Əliyev adına Müasir Təhsil Kompleksində tədris Azərbaycan dilində aparılır. Ancaq xarici dillərin öyrənilməsinə də geniş yer verilir. I sinifdən ingilis dili, rus dili və ərəb dili, IV sinifdən alman dili, VI sinifdən isə fransız dili tədris olunur. Hər bir xarici dil fənninə aid linqafon otağı vardır. Şagirdlərin xarici dillərdə sərbəst danışmalarından ötrü onlar üçün müxtəlif ölkələrdə xarici dil kursları təşkil olunur, bu ölkələrdən Kompleksə müəllimlər dəvət olunur.
Tədris prosesi tam kompyuterləşdirilmişdir. Hər bir sinif otağı, kompyuter, proyektor, video və televizorla təchiz edilmişdir. Ümumiyyətlə, kompleksdə 170 kompyuter işləyir. Bütün kompyuterlər məktəbdaxili kompyuter şəbəkəsinə birləşdirilmiş və internetə çıxışı təmin edilmişdir.
Kompleksdə müasir tələblərə cavab verən kimya, biologiya və fizika laboratoriyaları fəaliyyət göstərir.
Tədris planları və proqramları Təhsil Nazirliyinin plan və proqramları əsasında tərtib edilir, ancaq Pedaqoji şuranın qərarı ilə tədris planlarında, həm də proqramlarda 50%-ə qədər dəyişiklik edilir.
Kompleksin müəllimləri tərəfindən 30 müxtəlif adda dərslik və dərs vəsaitləri çap olunmuş və şagirdlərin istifadəsinə verilmişdir.
Şagirdlərin gün rejimi saat 9:00-dan 18:10-dəkdir.
Gün rejimi belə bölünmüşdür:
9:00-13:55 – cədvəl üzrə dərs
13:55-14:50 – nahar fasiləsi və istirahət
15:00-18:05 – bəzi fakültətiv dərslər; ev tapşırıqlarının hazırlanması; müxtəlif bölmələrdə iştirak etmək və s.
Şagirdlərin kompleksə giriş və çıxışı xüsusi elektron buraxılış sistemi ilə tənzimlənir.
Şagirdlərin bilik və bacarıqları 10 ballıq sistemlə qiymətləndirilir. Dərsdən sonra şagirdlərin qiyməti müəllimlər tərəfindən elektron jurnala daxil edilir və məktəbin internet saytında verilir. Elektron jurnala əsasən şagirdlərin hər bir fənn üzrə bilik səviyyəsinin dinamikası, ayrı-ayrı fənlərin şagirdlər tərəfindən mənimsənilmə faizi və s. müəyyən olunur.
Siniflər şagirdlərin səviyyələrinə əsasən yaradılır və hər birində xüsusi proqramla dərslər keçirilir. Məktəbdə hər bir şagirdin fərdi cədvəli vardır. Təhsildə zəif olan şagirdlərə günün ikinci yarısında əlavə məşğələlər təyin olunur.
Müəllimlər X və XI sinif şagirdlərini seçdikləri ixtisasa uyğun olaraq fərdi qaydada və ya kiçik qruplarla qəbul  imtahanlarına (repetitorluq) hazırlayırlar.
Hər tədris ilində iki dəfə – I və II  semestrin sonunda bütün fənlər üzrə yoxlama imtahanları keçirilir.
Məktəbdə şagirdlərin təhsilə marağını artırmaq üçün olimpiadalar, viktorinalar, fənn gecələri, elmi-nəzəri konfranslar, «İlin ən yaxşı şagirdi» müsabiqəsi keçirilir və qaliblər mükafatlandırılır.
Dərslər yüksək ixtisaslı müəllim heyəti tərəfindən tədris edilir. Onlardan 4 nəfəri elmlər doktoru, professor, 15 nəfəri elmlər namizədi, dosentdir.